Tam Gün Yasası olarak bilinen Üniversite ve Sağlık Personelinin Tam Gün Çalışmasına ve Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun’da ek ders ücreti ödemelerinde uyulacak esasların Yükseköğretim Kurulu (YÖK) tarafından belirleneceği hükme bağlanmıştır. Tam Gün Yasası’na getirilen en önemli eleştirilerden biri de, Tam Gün Yasası’nın uygulanmaya başlanması ile birlikte tıp fakültesi öğretim üyelerinin eğitim ve araştırma etkinliklerine ayırabilecekleri sürenin azalacağı ve bundan da eğitimin olumsuz etkileneceğidir. Eğitimin olumsuz etkilenmesini önlemek için Yasa tam olarak uygulamaya geçmeden önce ek ders ödemelerinde uyulacak esasların yeniden belirlenmesi gerekmektedir.
08 Şubat 2010 tarihli Medimagazin’de yer alan "Üniversitede Performans Sistemi Nasıl İşleyecek" başlıklı yazıda Sağlık Bakanı Recep Akdağ, YÖK ve Sosyal Güvenlik Kurumu (SGK) yetkilileri tarafından da kabul gören ve tıp fakültesi öğretim üyelerinin dört temel role göre hak ediş sistemi oluşturulacağından söz edilmekte, günümüzde bu rollerin hepsini birden götürmeye çalışan öğretim üyelerinin yeni sistemde öncelikli rollerini seçmesi gerektiği vurgulanmaktadır. Yazıda Sağlık Bakanlığı ve YÖK tarafından "doktor yetiştirme", "uzman yetiştirme", "klinik veya cerrahi tedavi yöntemleri geliştirme" ve "araştırma" şeklinde tanımlanan dört rol arasında adaletli bir denge oluşturulmaya çalışıldığı görülmektedir. Ancak bu yazıda en çok dikkat çeken konulardan biri de, tıp fakültesi öğretim üyelerinin bütün rollerinden kaynaklanan hak edişlerin döner sermaye gelirlerinden karşılanmasının düşünülüyor olduğudur. Öğretim üyelerinin geleceğini çok yakından ilgilendiren bu konuda geniş bir tartışma ve görüş alışverişi ortamının oluşmamış olması da düşündürücü bir durumdur.
Halen tıp fakültelerinde ek ders ödemeleri YÖK Başkanlığının 16 Eylül 2005 tarihli Genel Kurul Toplantısında Alınan Karar ile Belirlenen Ders Yükü Tespiti ve Ek Ders Ücreti Ödemelerinde Uyulacak Esaslar’a göre belirlenmektedir. Fakat bu esaslar tıp fakültelerine uygun nitelikler (özellikle uzmanlık eğitimi) taşımamaktadır. Bu nedenle ek ders ödemeleri açısından tıp fakülteleri arasında ve ana bilim dalları arasında büyük farklılıklar ortaya çıkmış durumdadır. Bazı öğretim üyeleri tarafından etik dışı olarak nitelenen uygulamalar, diğer bazı öğretim üyeleri tarafından "Hak ettiğimi ancak bu şekilde alabiliyorum" diye savunulmaktadır. Bu nedenle öğretim üyelerinde hak ettiği ücreti aldığı duygusu yaratan, öğretim üyelerinin eğitim etkinliklerine yönelmesini teşvik eden ve adil yeni esasların belirlenmesine gereksinim bulunmaktadır. Aşağıda bu esaslar belirlenirken dikkate alınması gereken önerilerde bulunulmuştur:
Uzmanlık eğitimini belli bir müfredatla sınırlamak doğru değildir. Ders sayısı ve içeriği açısından olması gerekenlerin en azının belirlenmesi gerekirken, usta-çırak ilişkisine dayalı bir eğitim olan uzmanlık eğitimi için bir üst sınır belirlenmesi mümkün değildir. Kurumun olanakları, öğretim üyesi sayısı ve öğretim üyelerinin uzmanlık alanlarına göre tıp fakültelerinin uzmanlık eğitimi müfredatları arasında büyük farklılıklar olması doğaldır.
Ek ders ödemelerinde uygulama ve teorik ders ayrımı yapılarak uygulama dersleri maaş karşılığı haftalık ders yükü hesaplamalarında dikkate alınırken ek ders yükü hesaplamasında dikkate alınmamaktadır. Bu durum tıp fakültesinde asistanla birebir yürütülen eğitim etkinliklerinin "uygulama dersi" sayılarak ek ders hesaplamasında dikkate alınamamasına yol açmaktadır. Oysa baştan sona asistanın başında durularak ya da birlikte yürütülen ameliyatlar ve mikroskop başında birebir verilen eğitim gibi uygulamaların sıradan bir "uygulama dersi" gibi ele alınması harcanan emeği görememek demektir. Ek ders hesaplamalarındaki teorik ve uygulama dersi ayrımı kaldırılmalıdır.
Ek ders ve araştırmalar için öğretim üyelerine yapılacak ek ödemeler döner sermayeye yüklenmemeli, döner sermaye kaynaklarının sınırsız olmadığı unutulmamalıdır.
Etkili iç ve dış denetim düzenekleri kurulmalı, etik dışı uygulamalara izin verilmemelidir.